بخش اطفال از بخش‌های فعال بیمارستان آیت‌الله مدنی بجستان است که کودکان زیر ۱۲ سال در آن بستری می‌شوند. این بخش با فضای استاندارد و تجهیزات تخصصی، خدمات درمانی و مراقبتی به نوزادان و کودکان ارائه می‌دهد.

بیماران زیر یک ماه در واحد نوزادان، یک تا سه ماه در اتاق مجزا و سایر کودکان تا رده سنی ۱۴ سال در اتاق‌های بخش بستری می‌شوند.