پروژه احداث و تجهیز بخش دیالیز بیمارستان آیت‌الله مدنی بجستان در سال ۱۳۹۱ با زیربنای حدود ۲۲۰ متر مربع با کمک خیر نیک‌اندیش جناب آقای خداد قاسمیان آغاز شد و در مرحله ۴۰ درصد پیشرفت فیزیکی و با هزینه‌ای بالغ بر هشتصد میلیون ریال تحویل دانشگاه علوم پزشکی گناباد گردید. با مساعدت دانشگاه و صرف اعتبار معادل پنج میلیارد و دویست میلیون ریال، ساختمان تکمیل و تجهیز شد و در بهمن ۱۳۹۳ افتتاح گردید.

این بخش دارای یک اتاق جهت دیالیز بیماران با ۴ تخت و ۴ دستگاه فعال و یک دستگاه رزرو جهت بیماران مهمان می‌باشد.

سایر فضاها شامل اتاق رختکن بیماران، اتاق رختکن پرسنل، آبدارخانه، اتاق RO، یک دستگاه RO پرتابل و انبار دارویی می‌باشد.